La ricerca di Lara Croft di un antico manufatto sudamericano cambia radicalmente il proprio corso non appena l'eroina incontra una pericolosa figura del suo passato e si ritrova in corsa per il ritrovamento di uno dei più famosi artefatti della storia.

Questa trama si basa sui filmati del videogioco e sulle informazioni ricavate da questo.
Pertanto l'ordine dei fatti narrati rispecchia l'ordine con cui il videogioco li propone.

Questo nuovo capitolo si apre con un flashback: Lara, bambina, si trova a bordo dell'aereo privato di famiglia insieme alla madre. La destinazione sembra essere il Nepal e fuori imperversa una tremenda bufera. Il pilota non riesce a controllare il velivolo e nonostante gli sforzi questo si schianta contro il suolo.

Lara riceve una lieta telefonata da Anaya, vecchia conoscenza, che le rivela un'interessante soffiata ricevuta da un suo amico che lavora alla P.A.S.
In un antico tempio della Bolivia, nei pressi di Tiwanaku (incantevole civiltà pre-inca), gira voce che siano stati ritrovati i resti di un antico e prezioso altare decorato, irresistibile occasione per la nostra archeologa.
Durante il suo percorso per arrivare al tempio, Lara si scontra con diversi soldati mercenari, fra l'altro al corrente del suo arrivo sul luogo. Ma la presenza di queste truppe private da chi è stata causata? E perchè? Come la conoscono?

La piccola Lara e sua madre sono in Nepal, sono riuscite a salvarsi dallo schianto aereo.
Lara perlustra il posto e rimane affascinata da uno strano altare in pietra con una spada conficcata in mezzo. Inavvertitamente aziona il marchingegno che sembra aprire un varco spazio-temporale. Lady Croft è spaventata, sente strane voci e allontana la figlia temendola in pericolo. Estrae la spada e viene letteralmente risucchiata dallo strano marchingegno.

Dopo trappole, diversi enigmi e insidie Lara riesce ad entrare nel cuore del tempio e raggiungere l'insolito e mistico altare di pietra. Un uomo si trova al centro di questo, circondato dalle stesse truppe incontrate poco prima.
Sembra già conoscere Lara e le mostra un frammento davvero particolare, che lei sembra ricordare appartenga alla spada del Nepal.
Il mistero si infittisce: quest'uomo tira fuori il nome di Amanda, vecchia amica morta di Lara, come se le avesse parlato da poco, e nomina Paraìso... Parte col suo elicottero e lascia ai suoi scagnozzi il compito di eliminare Lara.
Naturalmente lei li sconfigge tutti e può ammirare indisturbata quello per cui era venuta: rimane folgorata da qualcosa che non rivela nemmeno ai suoi assistenti Zip e Allister, sussurando solamente fra sè che dunque gli altari di pietra sono più di uno.

Zip, assistente di Lara, fornisce qualche informazione sul misterioso uomo incontrato a Tiwanaku: si chiama James Rutland, figlio della famosa e ricca famiglia Rutland.
Lara osserva attraverso il monitor l'altare di pietra inca e afferma che è davvero simile a quello già visto in Nepal, sebbene le due civiltà siano totalmente diverse.
Decide di seguire la pista lanciata da Rutland e recarsi a Paraìso, per poter capire fino in fondo la faccenda. Organizza un incontro con Anaya.

L'appuntamento con Anaya è nella piazza di questo desolato paese, fin troppo desolato.
A Paraìso non sembra esserci nulla, se non qualche reperto di poca importanza. Anaya sembra turbata dal posto, come se questo le ricordasse uno spiacevole avvenimento.
Improvvisamente irrompono sulla scena altri soldati mercenari e Lara sfodera le sue armi lasciando fuggire Anaya.
Più tardi i mercenari saranno anche alle sue costole e Lara correrà a più non posso con una bella moto Ducati per raggiungerla e trarla in salvo.
Le due ragazze raggiungono gli scavi dove sembra essere avvenuta la terribile vicenda ancora inspiegata. Lara rivela che probabilmente Amanda non è morta: Anaya è sconvolta e ha paura di dover scavare nel passato.

Lara sembra avere circa vent'anni e partecipa agli scavi del luogo insieme ad Amanda, Jason e altri ricercatori e archeologi.
Nel sotterraneo accade qualcosa di strano... Kant e altri archeologi vengono uccisi da uno strano essere, che adesso rincorre la giovane Lara. Rimane in trappola insieme ad Amanda, che per evitare di essere uccisa dal mostro pensa di rimuovere un medaglione da una parete. Il tempio comincia a crollare e ad allagarsi, ma almeno quello strano essere è scomparso. Sulla via della fuga Amanda rimane incastrata sotto le macerie e Lara non può far nulla per salvarla.

Lara è decisa a ritornare nel luogo dove Amanda è morta, credendo di poter trovare indizi che la ricolleghino alla morte della madre. Anaya non si sente ancora pronta per una simile prova e ritorna indietro.
Dentro l'antico acquedotto, Lara trova una scarpa slacciata che apparteneva ad Amanda. Che sia riuscita a liberarsi e sopravvivere?
Nel frattempo scorge un'iscrizione che racconta la storia della principessa di Tiwanaku, figlia leggittima del re e smarrita nell'infanzia. Venne cresciuta da un guerriero ed eletta regina grazie a uno Shamano che riconobbe in lei il sangue reale e le donò un potente bastone conficcato in una pietra. Con lei crebbe una società prosperosa e felice, sino a quando il potere del bastone si affievolì e lei morì poco tempo dopo.
Lara osserva che questa storia assomiglia moltissimo a quella di Re Artù.
Nella tomba della regina Lara trova con sorpresa il famoso bastone, ovvero una spada, che termina con una strana punta che ricorda di aver già visto all'università di Waseda in Giappone (purtroppo rubata da Shogo Takamoto - truffatore in contrasto con Lara). Lei chiede a Zip di organizzargli un incontro, e sebbene riluttante Takamoto accetta di vederla presso gli edifici di Nishimura, vecchio amico di Lara.

Più bella che mai, Lara si presenta al ricevimento di Nishimura (che le raccomanda di stare attenta) sperando di poter parlare presto con Takamoto.
Questo sgombera tutta la sala e si circonda di scagnozzi armati sino ai denti. Una volta chiesto il motivo dell'incontro, Lara punta dritta al sodo, chiedendogli del frammento di spada rubato. Takamoto non vuole che gli vengano attribuite certe accuse e nega tutto. Lara lo provoca ed inizia lo scontro a fuoco.
Takamoto scappa ma lei è decisa a raggiungerlo sino al suo attico, sconfiggendo diverse guardie del corpo della Yakuza.
Pur di uccidere Lara, Takamoto sfodera la potente punta della spada. Rivela che è così attaccato ad essa per la storia che vi si cela dietro. Pare infatti che fosse posseduta da un cavaliere della tavola rotonda e che sicuramente risale a prima dell'XI sec.

Sconfitto Takamoto e recuperato il manufatto, Lara segue le tracce di Rutland in Ghana per recuperarne un altro pezzo. Zip informa Lara che i suoi genitori prima della sua nascita hanno visitato il luogo. A conferma di questo Lara ritrova un medaglione regalato dal padre alla madre.
Lara trova Rutland pronto a scontrarsi con lei. Prima però, le parla della chiave di Ghalali, necessaria a riunire i pezzi della spada (separati appositamente) e ritrovata proprio dal padre di Lara in Ghana. Proprio per questo Amanda, che sembra conoscere benissimo Rutland, pensa che la possieda Lara e raggiunge casa Croft.

Amanda non trova nulla a casa di Lara e come lei parte alla volta del Kazakistan, inseguendo alcune promettenti tracce.
Un progetto sovietico degli anni '50 chiamato Carbonek perseguì alcuni studi su un pezzo di spada finchè un disastro impedì di continuare. Il KGB cancellò quasi ogni traccia di quanto accaduto.
Gli uomini di Rutland sono già sul posto e stanno uccidendo tutti i soldati Kazaki. Confermando i collegamenti con la storia di Re Artù, Lara rinviene uno scudo appartenente ad un guerriero di quel periodo.
Lara incontra finalmente Amanda, protetta dai soldati di Rutland: sembra cambiatissima, perfida e arrivista. Lara tenta di scusarsi per non aver tentato ricerche per trarla in salvo (avendola creduta morta) e Amanda sembra conservare un po' di risentimento per questa mancanza.
Amanda sembra totalmente posseduta dalla forza del talismano che porta al collo. Pensa di aver addomesticato la creatura che in Perù uccise gli altri archeologi ma che salvò lei stessa, e la scaglia contro di Lara.

Lo scudo trovato in Kazakistan riporta una mappa sul retro che mostra come meta proprio la Cornovaglia.
Raggiunta la regione, Lara si ritrova ad esplorare un museo turistico su Re Artù e una sua fantomatica tomba (smentita). Ma la sorte vuole che sia proprio Lara a scoprire la vera tomba, che contiene tutte le tombe dei re di Camelot e naturalmente del suo leggendario Re Artù. Lara stenta a credere ai suoi occhi e scopre che tutti gli altari in pietra e le spade sono ricollegabili fra loro nello stesso proto-mito. Dalla salma del legendario re recupera l'ultimo frammento di spada, quando... sente che Zip e Allister sono sotto mira di un soldato di Rutland e li libera.

Lara comprende che la chiave di Ghalali non è altro che una spilla che indossava la madre di Lara (regalata dal padre) nel viaggio in Nepal.

Raggiunto l'aereo distrutto, Lara riesce a recuperare la chiave. Dato che si trova in Nepal, pensa di raggiungere l'altare di pietra che risucchiò la madre nella porta. Ricompone la spada e la conficca nella roccia, riforgiandola nuovamente.

Per completare il suo operato, Lara raggiunge nuovamente l'altare di Tiwanaku ma la sua mossa era prevista da Amanda, Rutland e scagnozzi che la aspettano al varco per impedirle di usare la spada.
Rutland muore e Amanda vuole fermare Lara prima che sprechi l'unica opportunità che ha per far funzionare l'altare: infatti questo funziona solo una volta.
Sconfitta, Lara aziona il marchingegno e riesce a intravedere la madre nel portale: capisce che le voci sentite da lei non erano altro che quelle proferite dalla Lara del futuro. Per quanto Lara tenti di avvertirla, Lady Croft estrae nuovamente la spada.
Lara si accanisce contro Amanda, pensando che sia lei la causa di tutto ma risparmiandole la vita per la preziosa informazione ricevuta:
la madre è viva e si trova ad Avalon.
Lara decisa, contatta Zip e Allister per organizzarle nuovi incontri e nuove avventure...